تُعنى شعبة الرقابة والتدقيق الداخلي بمراجعة وتدقيق السجلات المالية والإدارية لضمان الالتزام بالتعليمات والقوانين النافذة، والكشف عن المخالفات أو حالات الهدر أو الخلل في الأداء، فضلاً عن تقديم التوصيات اللازمة لتحسين كفاءة العمل وضمان النزاهة والشفافية في جميع مفاصل الكلية.